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ポケットモンスター、縮めてポケモン。この星の不思議な不思議な生き物。空に、海に、森に、街に、世界中の至る所でその姿を見ることができる。これは、ポケモンバトルで最強を目指す少年“サトシ”と、すべてのポケモンをゲットするという夢をもつ少年“ゴウ”の物語である。サトシのパートナー“ピカチュウ”、ゴウのパートナー“ヒバニー”をはじめとするたくさんのポケモンたちともに、今、無限に広がるポケモン世界への冒険がはじまる。さぁ…。夢と冒険と! ポケットモンスターの世界へ! レッツゴー!

かつてポケモンのことが大好きな少年だったティムは、ポケモンに関わる事件の捜査へ向かったきり、家に戻らなかった父親・ハリーとポケモンを遠ざけるようになってしまった。それから年月が経ち、大人になったティムのもとにある日、ハリーと同僚だったというヨシダ警部補から電話がかかってくる。「お父さんが事故で亡くなった―」。複雑な思いを胸に残したまま、ティムは人間とポケモンが共存する街・ライムシティへと向かう。荷物を整理するためハリーの部屋へと向かったティムが出会ったのは、人間の言葉を話し、相棒だったハリーの死に疑問を抱く名探偵ピカチュウだった…(C)2019 Legendary and Warner Bros. Entertainment, Inc. All Rights Reserved. (C)2019 Pokémon.

ロケット団から南米の山脈地帯にある盗掘現場にて発見したという幻のポケモン・ミュウの体の一部の化石を元に、フジ博士が構成した研究チームにより遺伝子操作によって戦闘能力などを強化され、人工的に作られたポケモン・ミュウツーは、その不純な生立ちから自身の存在意義を見出せずに答えなき自問自答に苦しんでいた。 やがてミュウツーは自分を造ったロケット団を裏切ったことをきっかけに、ポケモンを統制するシステムへの反発や自分を利用するためだけに作り出した人間たちへの憎しみから人類に対する「逆襲」を企てる。 一方、旅を続けるサトシ達の前に、一通の招待状を携えたカイリューが現れた。招待状は謎の女性の姿を映し出し、優秀なトレーナーたちをポケモン城へ招待したいと説明する。サトシはすぐさまポケモン城へ向かうことを決め、招待状のYESの欄にチェックを入れる。突然嵐で荒れた海を渡り、ポケモン城へたどり着いたサトシ達は、そこで同じく招待状によって招かれた三人のトレーナーと出会った。 だが、サトシ達が受け取った招待状は、ミュウツーが計画する罠「人間たちへの逆襲」の始まりでしかなかった。サトシを初めとするトレーナー達は強大な力を持つミュウツーや彼が作り出したコピーポケモンの前に歯が立たず、より強いコピーポケモンを作ろうとするミュウツーに手持ちのポケモンを奪われてしまう。 一方その頃、サトシを追ってポケモン城にやってきたロケット団のムサシ・コジロウ・ニャースは、城の地下に広がるコピーポケモンの製造所に迷い込み、そこでコピーポケモン達が作られる過程を目の当たりにし、さらにはミュウの存在を知った。 コピーポケモンが次々と生成される中、サトシによってコピー装置は破壊され、ミュウツーに捕まったポケモン達も解放される。そして、人間への復讐のために関係の無い者を巻き込むミュウツーに憤ったサトシ達は彼の元に向かう。 そんな中、ミュウツーの前に彼のオリジナルであるミュウが現れる。自分の「本物」であるミュウに敵意を露にし、「本物」であるミュウと「コピー」の自分のどちらが強いかを決めようと戦いを挑むミュウツーに、ミュウはある提案を持ちかける。それでこそ、自分達だけでなくコピーポケモン達とそのオリジナルのポケモン達を戦わせることで「本物」と「コピー」のどちらが強いかを決めるというものだった。ミュウ曰く、技など使わず体と体でぶつかれば、本物はコピーに負けない（ニャースの通訳）、と。 こうして始まった肉弾戦は長引き、ポケモン達が次々と倒れる中、ただひとつ激戦を続けるミュウツーとミュウ。サトシは争いを鎮めようと自ら身を投じるが、ミュウツーとミュウの挟み撃ちに遭い、やがて石像と化してしまう。悲しい空気に包まれる中、ポケモン達が流した涙はサトシの元に集まり、サトシは息を吹き返した。ポケモン同士にも絆があることを知ったミュウツーは改心し、ミュウやコピーポケモン達を連れてどこかへ去っていった。 嵐が収まり、雲の間からミュウが飛び去るところを見たサトシ達は、いつか幻のポケモンに巡り会える日が来ることを願い、旅を続けるのだった。

不思議な生き物、ポケットモンスター（ポケモン）と人間が互いに助け合って生きている世界。この世界ではポケモン同士を戦わせる「ポケモンバトル」が盛んに行われており、多くの少年少女たちが最強のトレーナーを目指して旅をしていた。 マサラタウンに住む少年・サトシも「ポケモンマスター」に憧れる1人。彼は10歳の誕生日に、町に住むポケモン研究者のオーキド博士からポケモンを貰って旅立つことになっていた。しかしサトシはその旅立ちの朝に大寝坊、慌てて研究所に向かったもののヒトカゲ、フシギダネ、ゼニガメの3匹は全てライバル達に持って行かれた後だった。そんなサトシに博士が差し出したのは、ねずみポケモン・ピカチュウ。可愛らしい容姿のピカチュウにサトシは一目ぼれ。こうしてサトシの旅は始まったが、相棒のピカチュウはサトシに対して心を開こうとしなかった。 対立しながらの旅を始める1人と1匹であったが、ふとしたことから起きたオニスズメの大群との戦いを通して打ち解け、唯一無二のパートナーとなる。そして多くの人やポケモンとの出会いと別れを繰り返しながら、サトシと仲間たちの冒険の日々は続いていく。

ジョウト地方での旅を終えカスミ、タケシと別れた後、サトシとピカチュウは次のリーグに出場するため、海の彼方にあるホウエン地方へやって来た。しかし、ピカチュウは以前あった騒動の影響で高熱を出してしまう。サトシはミシロタウンに研究所に持つオダマキ博士に治療を任せるが事態は悪化。ピカチュウは暴走状態のまま、外に出てしまう。 その頃、近くのトウカシティからやって来た女の子がいた。その女の子・ハルカは最初のパートナーポケモンを貰いにミシロタウンの研究所に向かっていたが、騒ぎに巻き込まれてしまう。 紆余曲折を経て問題を解決させたサトシはホウエンリーグを、ハルカはポケモンコーディネーターを目指す。更に、タケシとハルカの弟・マサトも加わり新たな冒険が始まった。

舞台はシンオウ地方。その地方のフタバタウンには1人の女の子がいた。彼女の名はヒカリ。母親のアヤコは過去にポケモンコーディネーターの頂点「トップコーディネーター」に立った有名人。アヤコに憧れるヒカリは自分もトップコーディネーターになることを目標としていた。10歳になって旅立ちの日を迎えたヒカリは、マサゴタウンに研究所を受け持つナナカマド博士から貰ったペンギンポケモン・ポッチャマと共にポケモンコンテストを巡る旅に挑んでいく。 その頃、カントー地方のバトルフロンティアを制覇しハルカ、マサト、タケシと別れた後、サトシはピカチュウとエイパムを連れて、シンオウリーグ出場を目指すためにシンオウ地方へ。しかし、後を追って来たロケット団の襲撃でピカチュウが吹っ飛ばされてしまう。 サトシはエイパムと共に必死にピカチュウを探し始める。その最中、ブリーダー修行を続けるためにウソハチとともに旅を再開したタケシと偶然出会い、行動をともにする。一方、サトシとはぐれたピカチュウは旅を始めたばかりのヒカリに発見されていた。ナナカマド博士の導きで合流したサトシ達は、それぞれの目標のために3人で旅をすることになる。

シンオウ地方での旅を終え、ヒカリ・タケシと別れ、カントー地方に帰還したサトシ。数日後、オーキド博士が学会でイッシュ地方に出かけるということでサトシとピカチュウ、母親のハナコはオーキド博士と一緒にイッシュ地方に旅行へ行くことに。飛行機で辿り着いたイッシュ地方では、サトシがこれまで見たことの無いポケモンが多数いた。 イッシュ地方でポケモンリーグが開催されることを知ったサトシは、イッシュリーグに出場するために、再び旅立って行く。やがて、竜の里出身のトレーナー・アイリスとポケモンソムリエのデントがサトシの旅に同行するようになる。

イッシュ地方での旅を終え、アイリス・デントと別れ、カントー地方に帰還したサトシとピカチュウは、ポケモンマスターになるという夢を追い、デコロラ諸島で知り合ったポケモンルポライターのパンジーと共にカロス地方へとやって来た。謎のポケモンと新たなライバル、そして新たな仲間。シトロンとユリーカの兄妹やセレナと旅をするサトシの冒険が再び始まった。

マサラタウンの商店街の福引きでサトシのバリヤードがアローラ地方の観光旅行チケットを当てたため、サトシとピカチュウは母のハナコとバリヤードと共にアローラ地方へとやってきた。サトシは数々の新しいポケモンたちに興奮する中、ポケモンスクールを訪れる。アローラ地方に伝わる特別な技・Zワザを目にしたサトシは、その夜メレメレ島の守り神であるカプ・コケコに出会い、Zリングを渡される。 サトシはポケモンスクールに留学することを決め、「しまめぐり」で試練を乗り越え、自らの力でZクリスタルを獲得し、Zワザを使いこなせるようになるべくサトシとスクールの仲間達のスクール生活と冒険が始まった。

「海の神、破滅を救わんと現れん。されど、世界の破滅を防ぐことならず」――コレクターを自称し、飛行宮に暮らすジラルダンは、伝承にのみ現れる海の神「ルギア」を狙っていた。しかし、ルギアを呼ぶには火の神ファイヤー、氷の神フリーザー、雷の神サンダーを捕らえる必要があり、手始めにファイヤーを捕まえる。その頃、遠く離れたマサラタウンでは、夏に雪が降るなど異常気象が起こり、ポケモン達も不穏な動きを見せ始める。 船でオレンジ諸島巡りをしていたサトシ達は嵐に見舞われ、オレンジ諸島の海の果て、アーシア島に流れ着く。島は年に一度のお祭りの日で、島民からも温かく迎えられる。その中には船長の友人ヨーデルと、その妹で祭の巫女を担当するフルーラもいた。その日の晩、宴席でサトシは祭事の一環としてフルーラに「操り人」に任命され、「沖にある三つの島の宝を集め、本島に置く」という役を引き受ける。サトシは朝を待たずに早速船長と共に島へ行くが、海は荒れており、心配したフルーラ姉妹、カスミ、ケンジも後を追う。

美しい高原の街「グリーンフィールド」に住む少女ミーはアンノーンの研究をしている父親のシュリーと共に暮らしていた。ある日、遺跡の調査をしていたシュリーがアンノーンの空間に閉じ込められてしまい、行方不明となった。父親が残した奇妙なカードをミーが並び替えた時、「アンノーン」達が出現し、彼女の感情を感じ取り、エンテイを生み出した。声や雰囲気から父親がエンテイになって帰ってきたと思い、ミーは喜んだ。 一方、サトシたちも旅の途中でトレーナーのリンとのポケモンバトルを繰り広げ、ジョウト地方で女性が行きたい場所No.1の「グリーンフィールド」を訪れていた。突如グリーンフィールドがクリスタルで囲まれたことに困惑するサトシ達。シェリーや娘のミーが気掛かりになったオーキド博士とハナコも現場に向かい、サトシと再会した。その様子を見ていたミーは自分もママが欲しいとエンテイに願うと彼女の願いを叶えるため、ハナコを連れ去ってしまう。グリーンフィールドの結晶化が進む中、ミーはサトシ達に両親が帰ってきたから来ないようにメールが来る。それに疑問に思う一同であったがサトシはハナコを救うため、カスミやピカチュウ達と共にグリーンフィールドの中心に出来た結晶塔へ向かう。

現代の40年前の世界。ハテノの森を訪れた少年・ユキナリは、森の中でハンターに追われていたポケモンに出会う。そのポケモンは「セレビィ」といい、時を超える力を持つと言われるポケモンだった。セレビィをハンターから守ろうとしたユキナリは、セレビィの力でセレビィと共に40年後の未来へタイムスリップしてしまう。 現代。旅の途中でハテノの森を訪れたサトシ一行は、セレビィが時を越える際に起こる「森の声」という現象に遭遇。程なくサトシ達は祠の前に倒れているユキナリを発見。ハテノ村の長老トワ達に介抱されたユキナリはセレビィがいないことに気付き、サトシ達と共にセレビィを探しに向かう。傷だらけのセレビィを見つけたサトシ達はトワの下へ戻ろうとするが、そこへセレビィを追っていたロケット団幹部・ビシャスが現れ、セレビィを捕えようと襲い掛かって来た。

旅を続けるサトシ達一行は、水の都と呼ばれる美しい町「アルトマーレ」にやって来ていた。サトシとカスミはこの時期に行われるアルトマーレの名物「水上レース」に参加する。レース後に街を観光をしていると、サトシは女の子が襲われているところに遭遇する。助けている途中ではぐれてしまうが、博物館で再び姿を見かけ追いかける。不思議な壁を通り抜けた先の庭園で、その女の子は伝説のポケモン、ラティアスが変身していたと判明する。ラティアスが姿を借りていた少女カノンと、その祖父ボンゴレに、この町に伝わる御伽話を聞かされると、サトシはこの町に忍び寄る不穏を感じ取る。その裏では怪盗姉妹のザンナーとリオンが悪事を企てているのだった。

1000年に一度、7日間だけ夜空に現れるという千年彗星がよく見えるポケモン遊園地を目指して来たサトシ達。着いた先は何もない平原で落ち込むサトシ達だったが、突然現れたトラックの集団があっと言う間に巨大遊園地を作り上げる。 遊園地の人気マジシャン・バトラーとその恋人・ダイアンのマジックショーを見ていたとき、マサトはダイアンの持っていた眠り繭の声を聴く。眠り繭の中にいたのはジラーチというポケモンで、千年彗星と同じように1000年に一度、7日間だけ目を覚まして活動するという。マサトは7日間、パートナーとしてジラーチの面倒を見ることに。

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。

数百年前、オルドラン城は戦争に巻き込まれる危機に瀕する。城と運命を共にすると誓う女王の元から、その城に仕える波導使いアーロンは弟子のルカリオの元へと立ち去るが、戦いが始まろうとしたまさにその時、世界のはじまりの樹に光が灯り、戦いは防がれるのだった。 現代に至り、アーロンは城を守った波導の勇者の伝説として語り継がれ、オルドラン城ではその年の勇者を決めるためのポケモンバトルの大会が催されていた。その大会へ参加したサトシは見事優勝し、優勝者にのみ握ることの許された「アーロンの杖」を手にする。すると突然杖に光が灯りアーロンの弟子であったはずのルカリオが飛び出してきたのだった。

盗賊団「ファントムトループ」を率いる悪名高い海賊「ファントム」は、ある日海底で1つのタマゴを手に入れるが、忍び込んでいたポケモンレンジャーの「ジャック・ウォーカー」（ジャッキー）により奪われる。 一方、サトシ一行は旅の途中でポケモンと心を通わすことができるという今では数少ない水の民の一族の末裔、ヒロミとその家族によるマリーナ一座に出会う。たまたま一座と旅を共にすることになったサトシ一行だが、旅の途中ハルカは偶然にも不思議に光るマナフィの卵を発見する。 実はマナフィの卵をファントム一味から守るため、ジャッキーが密かにマナフィと関わり深い水の民の末裔であるマリーナ一座協力の下、ピエロとして隠れながらマナフィの卵を育てていたのである。

ヒカリのポケモンコンテスト挑戦のため、断崖の町・アラモスタウンを訪れたサトシたち。しかし町では、100年前の天才建築家・ゴーディにより設計された庭園が何者かに荒らされる事件が起きるなど、町全体で異変が続いていた。 犯人として疑われるポケモン・"ダークライ"。その頃、町の象徴である「時空の塔」で町の異変を調査していたトニオは、ゴーディの日記に記された予言を読み、「神」と呼ばれしポケモン・"ディアルガ"と"パルキア"にまつわる悪夢が町に近づいていることに気づく。

旅を続けるサトシ一行の前に、見たこともない小さなポケモンが現れる。それはかんしゃポケモンのシェイミであった。グラシデアの花畑に行く途中迷子になったようで、自分を花畑に連れて行くようサトシ達に頼む。しかし、突如シェイミが鏡の中に引き込まれ、同時にサトシとヒカリも引き込まれる。その先には、見たこともない不思議な世界が広がっていた。2人は、そこでこの世界を研究している"ムゲン"という科学者と出会う。 彼によれば、そこは"反転世界"と呼ばれる別の世界で、現実世界とちょうど裏表のように存在する世界なのだという。さらに、その2つの世界を自由に行き来できるポケモン・"ギラティナ"が棲む世界であることを教えられる。 ムゲンの手助けもあり、何とか現実世界に戻ることができたサトシ達。しかし、そこへシェイミを狙って謎の青年・"ゼロ"が襲いかかる。

旅を続けるサトシ一行は、自然に囲まれた町・ミチーナに到着する。タッグバトルをしたトレーナーの案内で遺跡に向かったサトシたちだが、時空の乱れにより突如発生した空間の穴に飲み込まれそうになってしまう。一行の窮地を救ったのは、遺跡の守り人・シーナと、彼女が呼び出した時を司る神と呼ばれるポケモン・ディアルガだった。ポケモンと心を見せ合える能力を持つシーナは、説得に応じてくれたディアルガ、パルキアと共に時空の乱れる場所を調査していた。 頻発する時空の乱れは、全てを生み出したといわれるポケモン・アルセウスが眠りから目覚めようとしているのが原因だった。アルセウスはかつて飛来する隕石からミチーナの地を守り、荒れ果てた土地の復興のため、長であるダモスに己の命の源の一部を命の宝玉として貸し与えた。しかし命の宝玉返還の日、ダモスは約束を反故にしアルセウスに攻撃を仕掛けた。激怒したアルセウスはミチーナの神殿を崩壊させ、人間への深い恨みを抱いたまま、傷ついた体を癒やすために自身の空間で長い眠りに就いた。シーナはダモスの子孫であり、命の宝玉を返却しその怒りを鎮めるため、アルセウスの現れる時期を探っていたのだ。

サッカーとバスケットボールの要素を織り交ぜた新スポーツ「ポケモンバッカー」のワールドカップが開かれるクラウンシティを目指していたサトシ達は、その道中でヤルキモノの集団に追い詰められていたポケモン・ゾロアと出会う。ゾロアはテレパシーを使い、「マァを助けに行く」とサトシ達に言う。ピカチュウ達の説得もあって、サトシ達はゾロアに協力する事を決め、ゾロアと共にクラウンシティへと向かった。 しかしサトシ達がクラウンシティに着いた時、街の旧市街に繋がる橋が全て封鎖されていた。伝説のポケモンであるライコウ・エンテイ・スイクンが悪のポケモン・ゾロアークに操られて暴れているのだという。そこへ巨大企業コーダイネットワークの社長・コーダイが旧市街に立ち入らないようにとモニターで勧告を出していた。しかし、その暴れているゾロアークこそがゾロアの探していた「マァ」だったのだ。

かつて大地の民の王国として栄えていた、大地の剣と呼ばれる城を中心にした街、アイントオークに訪れたサトシ達。アイントオークの収穫祭記念バトルに参加したサトシ達は不思議なポケモン、ビクティニと出会う。そこにビクティニのパワーで大地の剣を動かそうと企む大地の民の末裔ドレッド・グランギルが現れるが、その影響はアイントオークにかつてない異変を齎す（もたらす）のであった。

かつて大地の民の王国として栄えていた、大地の剣と呼ばれる城を中心にした街、アイントオークに訪れたサトシ達。アイントオークの収穫祭記念バトルに参加したサトシ達は不思議なポケモン、ビクティニと出会う。そこにビクティニのパワーで大地の剣を動かそうと企む大地の民の末裔ドレッド・グランギルが現れるが、その影響はアイントオークにかつてない異変を齎す（もたらす）のであった。

サトシとピカチュウらは山沿いを走る列車の中で、幻のポケモン「ケルディオ」が傷つき倒れているのを発見する。そこへケルディオを追ってきた地上最強のドラゴンポケモン「キュレム」が現れ、圧倒的な力でサトシらの前に立ちはだかる。その場はなんとか逃げ切ったものの、キュレムの追撃を受けて危機に陥る一行。しかし、サトシらの友情や勇気がケルディオの秘められた力を解放する。

イッシュ地方を手中に収めるべく暗躍していた組織「プラズマ団」。今ではサトシとNらの活躍で壊滅してしまった彼らは過去に絶滅したポケモンを現世に蘇らせていた。それが3億年前までに生息していたといわれる古代のポケモン「ゲノセクト」だった。化石から復元させられた5体のゲノセクトは背中に砲台を取り付けられた。だが5体は人間への憎しみを芽生えさせプラズマ団から逃げ出してしまう。そして現在。ゲノセクト達は元々いた住処へと帰ってきたが、そこは既に変わり果てていた。そこへ人間がミュウの遺伝子を使って生み出したポケモン「ミュウツー」が現れる。ゲノセクトの声を感じてやって来たミュウツーは彼らの心を読み、自分と同じ境遇を持つゲノセクトを救おうとする。しかし、赤い体色のゲノセクトがそれを拒否すると仲間を従わせ、ミュウツーを攻撃。そのまま去ってしまう。 その頃、サトシ、アイリス、デントの3人は大都会「ニュートークシティ」に来ていた。そこで一同は一般公開前のポケモン居住施設「ポケモンヒルズ」をスタッフであるエリックの計らいで特別に見学していた。見学後、花壇の庭でサトシはアクアカセットのゲノセクト（以下より水ゲノセクト）と偶然出会い、心を通わせる。そして水ゲノセクトの「家に帰りたい」という言葉を聞いたサトシは自分が家に帰してみせると約束する。

カロス地方には生命を操るといわれる伝説のポケモンが2体存在していた。1体は生命を与える力を持ったポケモンで「ゼルネアス」と呼ばれた。一方でもう1体はあらゆる生命を奪う力を持ち、「イベルタル」と呼ばれていた。遙か昔、イベルタルはカロス地方の「オルアースの森」で自然やポケモンから生命を奪い、全てを石に変えた末に繭となって眠りについた。その後に現れたゼルネアスは自ら生命を与え、被害を抑える事に成功した。この一連の事件は後に「大破壊」と呼ばれる様になる。 そして時が流れ、舞台はメレシー達が平和に暮らす地底王国「ダイヤモンド鉱国」に移る。幻のポケモン「ディアンシー」が姫として治めている鉱国には巨大ダイヤモンド型のエネルギー源「聖なるダイヤ」が置かれており、鉱国はその鉱石によって形を保ち続けていた。その聖なるダイヤはディアンシーにしか生み出せないといわれているが、ディアンシーは力が未発達で聖なるダイヤを生み出せずにいた。そうしている間にも聖なるダイヤは寿命が縮まっていき、鉱国は滅亡の時を控えていた。鉱国の長老・ダイイの話ではゼルネアスの力「フェアリーオーラ」を分けて貰えれば、聖なるダイヤを生み出すことができるという。そこでディアンシーはゼルネアスに会う為、召使のメレシー達を連れて鉱国を旅立つ。

100年前、砂漠の街「デセルシティ」は、強大な力を持つポケモンによって壊滅的な被害を受けていた。そこへ現れた旅人が、不思議な力を持つツボでそのポケモンを封印したことで、デセルシティの人々は平穏な時間を取り戻していた。 そして時は流れ現在、旅を続けるサトシ達一行は、不思議なリングを使って色々なものを取り出したりする力を持つ謎のポケモン「フーパ」と、フーパの世話をしている少女・メアリと出会う。無邪気でいたずらとドーナツが好きなフーパは、サトシとピカチュウを「サートン」「ピーカン」と呼び、サトシ達とすぐに仲良しになる。デセルシティに着いたサトシ達は、メアリの兄・バルザと出会うが、フーパはどこか怪しい雰囲気のバルザと、彼の持っていた「いましめのツボ」にひどく怯える。バルザはフーパの姿を確認すると突然、ツボの蓋を開け、ツボの中から噴き出した「影」に包まれたフーパは苦しみ出し、邪悪な気配をまとった巨大なポケモンへと姿を変えた。それはフーパの本来の姿である「ときはなたれしすがた」であり、かつてデセルシティに大きな被害をもたらしたポケモンでもあった。「ときはなたれしすがた」となったフーパに襲われたサトシ達だったが、メアリと「いましめのツボ」の力によって、フーパは再び「いましめられしすがた」へと戻った。その後、ツボに封印されていた「影」にバルザが操られていたことも判明した。

サトシやピカチュウたちが旅をしていると、空から幻のポケモン、ボルケニオンが降ってくる。人間に傷つけられたポケモンたちとネーベル高原で生活している人間嫌いのボルケニオンだったが、なぜかサトシと不思議な鎖でつながれてしまう。サトシは、未知なる力を宿す人造ポケモン・マギアナを救出すべく超カラクリ都市・アゾット王国へ向かうボルケニオンと行動を共にすることになり……。

マサラタウンに住む少年であるサトシは10歳になりポケモントレーナーの資格を得る。彼は10歳の誕生日に、町に住むポケモン研究者のオーキド博士からポケモンを貰って旅立つことになっていた。しかしサトシはその旅立ちの朝に大寝坊、慌てて研究所に向かったもののヒトカゲ、フシギダネ、ゼニガメの3匹は全てライバル達に持って行かれた後だった。そんなサトシに博士が差し出したのは、ねずみポケモン・ピカチュウ。可愛らしい容姿のピカチュウにサトシは一目ぼれ。 こうしてサトシの旅は始まったが、相棒のピカチュウはサトシに対して心を開こうとしなかった。対立しながらの旅を始める1人と1匹であったが、ふとした事から起きたオニスズメの大群との戦いを通して打ち解け、唯一無二のパートナーとなる。その後、伝説のポケモンのホウオウを目撃しサトシとピカチュウはいつかホウオウに会いに行く事を誓う。

人とポケモンが風とともに暮らす街「フウラシティ」では、1年に1度開催される「風祭り」のために、世界各地から様々な人やポケモンが集まっている。 伝説のポケモン・ルギアは、人とポケモンの絆を確かめると街に「恵みの風」を送るという約束を、昔から街の人たちと交わしていた。 それぞれの想いを持って風祭りに参加している、ラルゴ、リサ、トリト、カガチ、ヒスイ。そして、ポケモンマスターを目指す旅の途中でフウラシティを訪れた、サトシと相棒のピカチュウ。 人とポケモンの絆を軸にして、みんなの物語が大きく動き出す。

「清らかな心と、会いたいと強く願う気持ち」その二つをもつ冒険者の前にだけ姿を現すという幻のポケモン・ミュウ。全てのポケモンの“はじまり”と言われ、世界中のポケモン研究者が行方を追うなか、ついに一人の科学者がミュウの化石を発見し、それを元に神をも恐れぬ禁断の行為に手を染めてしまう。 「ここはどこだ…。わたしは誰だ…。」 最強のポケモンをつくりたいという人間のエゴによって、この世に生み落とされた伝説のポケモン。その名もミュウツー。存在する理由も分からないまま、最強の兵器としての実験を繰り返されるミュウツーは、その心の中に、自分を生み出した人間に対する憎悪の念を宿していく——。 「これは、わたしを生み出した人類への、逆襲だ！」

ポケットモンスター、縮めてポケモン。 この星の不思議な不思議な生き物。 空、海、森、街の中と至る所でその姿を見ることができる。 不思議なペンダントを持つパルデア出身の少女、リコ。 謎のモンスターボールを持つカントー出身の少年、ロイ。 広大なポケットモンスターの世界を舞台に リコとロイの新たな冒険が始まる！ ふたりを待ち受ける出会い、そして運命とは―！？ これは、冒険を通じて大事な何かを「見つける」物語。