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真夜中のパソコン画面から、奇妙な生き物“ボタモン”がうまれた! 不安がる太一をよそに、大喜びの妹･ヒカリ。ボタモンはアグモンへと進化する! そんな時、デジタルモンスターたちの住む、デジモンワールドが出現! そこへ怪鳥型モンスターがアグモンめがけて突進してきた。だがその時、アグモンの体にまた異変が…! 超巨大モンスター“グレイモン”への進化が始まった! ぶつかり合う2大モンスター、激しいバトルの行方は!?

1999年8月1日。 子供会のサマーキャンプに来ていた小学生の八神太一、武之内空、石田ヤマト、泉光子郎、太刀川ミミ、城戸丈、高石タケルの7人は突然の吹雪を他の子供たちから離れて、山にあった祠に隠れてやり過ごしていた。しかし、その祠の外に出た直後、日本で発生するはずのないオーロラを目撃、さらに謎の機械が降り注いだ。さらに7人の子供たちはその機械の謎の力で発生した大瀑布に吸い込まれ、気がつくと未知の場所にたどり着き、そこで自分たちを待っていたと言う「デジタルモンスター」と名乗る謎の生物たちと出会う。 そして子供たちとパートナーデジモンたちの、長くて短いひと夏の冒険が始まった。

デジタルワールドでの冒険から太一たちが帰ってきて半年後、あの冒険が信じられないほど穏やかな日々を太一たちは送っていた。ところがある日、インターネット上で不気味なタマゴが誕生し、凶悪なデジモンへと進化し、インターネットを通じて世界中を混乱に陥れた！ネットの中で暴れまくる邪悪なデジモンに、究極体・ウォーグレイモンと究極体・メタルガルルモンの合体デジモンが立ち向かう！

あの夏の日から3年。太一たち8人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこに‘デジモンカイザー’と名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのSOSが届き、3本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた5人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！

アメリカ旅行中のタケル、ヒカリそしてミミ。ヒカリはニューヨークの街で、突然デジモンの悲しい叫び声を聞く。そして、一陣の風が吹き過ぎた時、ミミの姿が消えていた…。それに続くかのように、日本にいた太一、さらにはヤマトも姿を消す。一方、ニューヨークの街には、謎の巨大デジモンが姿を現し、暴れ始める。その場にいた青い瞳の少年・ウォレスがそのすべての謎のカギを握っていた。ウォレスとグミモンを追って、アメリカを舞台に、大輔たちのひと夏の冒険が始まる！！

3年前にオメガモンに倒されたはずの最強最悪デジモン・ディアボロモンが、再びインターネット上に現れる。さらには、自らが倒された場合、分身のクラモンが大量に現実世界に出現するように、罠をも仕掛けていた…。再び危機に陥っていく現実世界。巨大な力を持つアーマゲモンを前に苦戦するインペリアルドラモンだったが、“選ばれし子供たち”のあきらめない心が奇跡を生む！！

ふとしたきっかけで自分が描いたデジモンが実体化してしまい憧れであった本物のテイマーになってしまったタカト。他のテイマーやデジモンを消滅させようとする謎の組織と時に協力し、時に敵対するうちに現実世界とデジタルワールド双方を巻き込む戦乱に巻き込まれていく。

夏休みに沖縄の従兄弟の家に遊びに行ったタカト。最初は乗り気じゃなかったが、豊かな自然に触れるうちに、次第に打ち解けていく。しかし、そんな平和な夏休みに不気味な影が…。東京のルキの前に凶悪デジモンたちが現れ、沖縄にもサメ型デジモンが出現する。そのサメ型デジモンに追われていた少女・美波を助けたことで、タカトは大人気のデジタルペット・Vペットを巡る陰謀に巻き込まれていく…。

正体不明のマシーン型デジモン・ロコモンが山手線に出現する。暴走するロコモンの影響で、ネットワークに歪みが生じ、市ヶ谷周辺を中心に東京都内がデジタル・ゾーン化してしまう。タカトとギルモン、ルキとレナモンがロコモンに乗り込み、暴走を止めようと奮闘する。しかし、ロコモンは自らの意思ではなく、寄生した相手の欲望を糧に成長する透明なデジモン・パラサイモンに操られていた。そのパラサイモンにルキまでが取りつかれてしまい、レナモンやタカトを攻撃し始める。タカトは窮地に陥るが、ギルモンが嗅覚でパラサイモンを見つけ出し、反撃に打って出る。しかし、パラサイモンは、デジタルワールドから仲間たちを現実世界へリアライズさせるための先兵にすぎなかった…。電磁糸でデジタルワールドと現実世界を結び、おびただしい数のパラサイトモンが、その糸を登り、リアライズ化してゆく。迫り来る数多の、しかも見えない敵に、タカトたちテイマーとデジモンが、世界を守るために立ち向かう！

日常生活に退屈していた神原拓也は、弟・信也の誕生日の日に携帯電話から謎のメールを受け取り、その指示に従い同じメールを受け取った謎の少年と共に、渋谷駅の地下へ向かいトレイルモンに乗り込む。そして同乗していた織本泉、柴山純平、氷見友樹とともに未知の世界・デジタルワールドへとたどり着く。 だが到着した場所ではケルベロモンがデジコードを奪って暴れていた。その地に眠っていた炎のスピリットに選ばれ、拓也は炎の闘士・アグニモンへと進化、ケルベロモンを倒し、デジタマへ還した。 そこで出会ったボコモン&ネーモンとトレイルモンに同乗した3人、そして再会した謎の少年・源輝二と共にデジタルワールドを支配するケルビモンを倒すため、拓也達の冒険が始まった。

フロンティアを旅する拓也たちは、デジタルワールドの外れで人型と獣型デジモンの闘いに巻き込まれてしまう。それぞれのデジモンたちに手厚い歓迎を受ける一行は、しばらくして、島の人型族と獣型族が激しく対立していることを知る。対立の理由を調査していくうちに明らかになる驚くべき事実と敵の正体…。拓也たちは永きにわたる闘いに終止符を打つことができるのだろうか！？

　三度の飯よりケンカが好きな少年・大門大（だいもんまさる）。ある日もケンカに明け暮れていた大の前に、恐竜のような姿をした奇妙な生物が現れる。その奇妙な生物「アグモン」は異世界「デジタルワールド」からやってきた「デジタルモンスター」だった。大とアグモンはケンカを通じて意気投合する。ところが、アグモンはデジモン事件の捜査組織「DATS（ダット）」から追われているはぐれデジモンだった。 　大からアグモンを取り戻そうとするDATS。追われる大とアグモンの前に、成熟期デジモン・コカトリモンが現れる。その巨大な姿に闘争心をかきたてられた大は、コカトリモンに戦いを挑む。コカトリモンに一撃を加えた大の拳に「デジソウル」が宿る。大のデジソウルを受け取ったアグモンはジオグレイモンに進化し、コカトリモンを倒すのだった。その様子を見たDATSの司令官・薩摩は大とアグモンをDATSに正式にスカウトする。かくして、ケンカ番長・大門大はアグモンを率いて人間界を脅かすデジモンの脅威に立ち向かうことになるのだった。

世界を滅ぼそうとする凶悪デジモン・アルゴモンの強大なパワーによって、大たち人間は蔦に捕らわれ、永遠の眠りについてしまった! ゴブリモンに襲われていた謎の美少女・リズムを救出したアグモンたちは、彼女とともに大たちを救うため、アルゴモンの城へ向かう!だが、そこにはアルゴモンの手下で強大なデジモン、オーガモン＆ピピスモンが待ち構えていた!彼らと壮絶な死闘を繰り広げるガオモンとララモン。 一方、傷を負いながらも城へと突き進んでいくアグモンとリズムの前に、アルゴモンが立ちはだかる！ パートナーがいない今、アグモンたちに勝機はあるのか!? そして大たちを、世界を、深い眠りから目覚めさせることはできるのか!? アグモンの更なる進化で、アルゴモンをぶっ飛ばせ!!

ある日、中学1年生の少年・工藤タイキは謎の声の問いかけに答え、デジモンクロスローダーを手に入れ、「ジェネラル」に選ばれた。そのままデジタルワールドに呼び込まれたタイキはそこで出会ったシャウトモンや仲間たちと共にデジタルワールドの危機に立ち向かう。

「2045年、人工知能が人間を超える?」そんな予測とは無縁の中学生・新海ハルは、ごく当たり前に日々を送っている。とりたてて悪くもないが、どこかで「自分は主人公キャラじゃない」とボンヤリ考えている時、スマホから妙なモンスター「ガッチモン」が飛び出してきた。ガッチモンはネットの最深部にいる「アイツ」から逃げてリアルワールドにやってきたのだという。程なくしてハルの周囲にはガッチモンと同族のモンスター「アプモン」の仕業らしき奇妙な現象が起き始める。「今こそホントの主人公になるんだ!」と決意したハルはガッチモンとバディを組み、リアルとネット、二つの世界を救うためのアプモン活動を始めることにした。 だが、アプモンとバディを組んでいるのは、ハルとガッチモンだけではなかった。

物語の舞台は2005年の東京。デジタルワールドを冒険したかつての「選ばれし子供達」は、今では高校生と中学生へと成長し、進路や恋に悩みながらも、平凡な日々を送っていた。 そんなある日、お台場に突如クワガーモンが出現し、街を破壊し始める。何もできずに立ち尽くす太一だったが、デジヴァイスが光り輝きアグモンが現れる。さらに、黒服の大人たちに連れられ、同じくパートナーデジモンと再会を果たした「選ばれし子供達」が羽田空港に集結し、クワガーモンを撃退する。 黒服の男たちの正体は、各地で出現するデジタルワールドのゲートから出現するデジモン達の対策のため、ゲンナイからの協力を得ながら密かに活動する独立行政法人の人間であり、太一達の学校の非常勤講師の西島もその一人だった。彼らの調査によって、クワガーモンは何らかの理由により理性を失い凶暴化した「感染デジモン」であることが明かされる。 アメリカから帰国したミミも加わり、新たな戦いを前に意気込む「選ばれし子供」達だが、現実世界での被害の大きさを目の当たりにした太一は悩み、ヤマトと仲違いしてしまう。その最中に、鳥取から転校してきた新たな「選ばれし子供」である望月芽心とそのパートナーのメイクーモンを狙ってアルファモンが出現する。葛藤の末、戦う決意を固めた太一はオメガモンの力でアルファモンを撃退する。しかし、改めて被害を目の当たりにした太一は迷いを振りきれていなかった。

アルファモンとの戦いから数日たってお台場は少しずつ復興が進んでいた。 ミミの一声で芽心とメイクーモンを連れて温泉テーマパークに向かうことになる。楽しいひと時を過ごす一同だが、丈だけは受験を理由に参加せず、苦悩する。 お台場に感染したオーガモンが現れ暴れまわる。TV局のヘリコプターが中継する中、ミミは光子郎の制止を聞かず立ち向かい、ヘリを墜落させてしまう。 レオモンのおかげで事なきを得るも、光子郎の指示を無視したミミは「自己中心的」だと責められてしまう。 丈とミミが悩みを抱える中、月島総合高校の文化祭当日にデジモンカイザー(謎の男)が出現し、メイクーモンを歪みの中に連れ去る。ゴマモンとパルモンがレオモンと協力してインペリアルドラモンに立ち向かうも歯が立たない。迷いを振り切り立ち向かう決意を固めた丈とミミはゴマモンをヴァイクモン、パルモンをロゼモンにそれぞれ究極進化させ、インペリアルドラモンを倒す。だが直後にメイクーモンが暴走しレオモンを殺害、歪みの中に姿を消す。その姿を見た姫川の口から語られたのは歪みや感染デジモンはメイクーモンが原因という衝撃の事実だった。

突然のメイクーモンの暴走に動揺する太一達。その原因を知りたい光子郎は有効策を得られず芽心を問い詰めてしまう。芽心は何も言えずうなだれることしかできない。 感染を防ぐためにオフィスに隔離されたパートナーデジモン達だが、パタモンに感染の兆候が見え始め、タケルは感染に気付く。アグモン達はヒカリの体を借りたホメオスタシスを通して最後の手段である「リブート」を知り、少しでも太一達と一緒にいられる時間を作る。 ようやくメイクーモンが感染の原因であることとリブートの存在を知った光子郎だったが、再び暴走したメイクーモンが出現する。太一達は立ち向かうが、メイクーモンはメイクラックモンに変異し、アグモン達は次々と感染して暴走し、遂にリブートへのカウントダウンが始まる。 唯一暴走しなかったテントモンはヘラクルカブテリモンへ究極進化し、暴走したデジモン達を何とか押さえこんだ隙にリブートが始まり、デジモン達は歪みの中へ消えてしまう。太一達はデジタルワールドへ向かう決意をし、苦悩する芽心を残してリブートされたデジタルワールドへ向かい、記憶を失い幼年期に退化していたデジモン達と再会する。その様子を謎の男と姫川、そしてメイクーモンが見つめていた。

リブートされたデジタルワールドへ向かい記憶をなくしたデジモン達と再会する太一達はそれでも絆を築こうとする。少しずつ打ち解けていく彼らだが、ピヨモンだけは空の優しさに不信感を抱き警戒心を露にする。ピヨモンに拒絶され傷ついた空に太一とヤマトはかける言葉も見つからない。 そんな中、芽心のことを覚えていたメイクーモンが出現し、太一達はメイクーモンと芽心を会わせることを固める。しかし、ムゲンドラモンが出現し彼らはバラバラに飛ばされてしまう。砂漠で芽心と会った空はともに一晩過ごすことに。 一方、現実世界で姫川の行方を探る西島の前にハックモンが現れてゲンナイが闇に捕らわれ動けないことと姫川がイグドラシルを通じてリブートが起きるように仕向けていたことを知る。実は西島と姫川は太一達の前の選ばれし子供達で、ダークマスターズとの戦いの中で姫川のパートナーデジモンのバクモンが犠牲となっていた。全ては姫川がバクモンともう一度会うために仕組まれていたことだった。姫川はリブートされたデジタルワールドでついにバクモンと再会するが、バクモンは何も覚えていないために姫川を拒絶する。 歪みを利用し何とか合流を果たす彼らだが、謎の男がメタルシードラモンとムゲンドラモンを率いて襲い掛かってくる。太一とヤマトはアグモンをウォーグレイモン、ガブモンをメタルガルルモンに究極進化させ、メタルシードラモンを破る。空とピヨモンも絆を取り戻し、ピヨモンをホウオウモンに、光子郎はテントモンをヘラクルカブテリモンに、タケルはパタモンをセラフィモンに究極進化させ、ムゲンドラモンを退ける。だが、謎の男がわざと芽心を痛めつける姿に再び暴走したメイクーモンはメイクラックモンに変異してしまう。

芽心が謎の男に痛めつけられる姿を見てメイクーモンはメイクラックモンに変異し暴走してしまう。メイクーモンが生まれてはいけないデジモンと聞かされてうなだれる芽心。 現実世界の西島と望月教授の前にハックモンが姿を現し、メイクーモンは世界を壊す鍵、ホメオスタシス自身が強大になりすぎたメイクーモンを切り捨てようとしていることを告げる。メイクラックモンの暴走によってデジモン達は世界中に次々と出現、現実世界の崩壊のカウントダウンが始まる。太一達はデジタルワールドから疎外され、現実世界に戻されてしまう。デジモンを連れていることで人々から追われる中、西島の助けで月島総合高校に泊まることに。 その頃、バクモンに拒絶された絶望から心が壊れた姫川は、デジタルワールドをさまよう内にダゴモンの海に引きずり込まれ、姿を消してしまう。 翌日に出現したメイクラックモンはラグエルモンに変異。ホメオスタシスに命じられメイクーモンを排除しようとするジエスモン、メイクーモンを救おうとする太一達、イグドラシルに命じられメイクーモンを利用し世界を滅ぼそうとするアルファモンとの対立が始まり、歪みを使いデジタルワールドへ向かった太一達は、ラグエルモンを交えた四つ巴の戦闘になる。絶望した芽心は「メイちゃんを殺して」と告げ、承諾する太一にヤマトは反発。戦いの中で起きた地割れに太一と西島は飲み込まれ、兄を失い絶望するヒカリの悲しみの心に反応するようにニャロモンはオファニモン：フォールダウンモードに暗黒進化しラグエルモンと合体、オルディネモンに変異してしまう。

オルディネモンの誕生でイグドラシルの思惑通り現実世界の崩壊が始まろうとする。太一の生死が分からないながらも、ヤマト達は戦い続けると決意し歪みから現実世界に戻る。 出現したオルディネモンを止めようとするも、圧倒的な強さに歯が立たない。そこにハックモンが現れ、ホメオスタシスがオルディネモンを処分するために現実世界を巻き込んでリブートを起こすと告げる。リブートとは現実世界の電子機器すべてをリセットすることだった。それによって引き起こされる現実世界の危機を予期した光子郎は反対し、他の方法を探そうとする。 一方、デジタルワールドの研究施設で目覚めた太一と西島は捕らわれていた大輔達とゲンナイを発見するも、謎の男の策略によって、研究施設は爆破寸前に陥ってしまう。重症の西島は太一に感染デジモンを初めとする事の真相を告げ、太一達に大人になった自分達の希望を託して現実世界に戻すと同時に爆破に巻き込まれ犠牲となる。 失意のヒカリは現実世界で寝込んでしまい、その夢の中でウィザーモンにテイルモンの所へ導かれ、テイルモンから「すべての光はメイクーモンの中に」という言葉を聞く。光子郎はメイクーモンがすべてのデジモンのバックアップデータを内包していると気づくと、芽心にパスワードを入力させ、同時にデジモン達の記憶を取り戻し、子供たちの意志を汲んだジエスモンによってオルディネモンからテイルモンが切り離され現実世界のリブートも中止される。

西暦2020年。首都圏を中心に大規模なネットワーク障害が発生していたある日、東京に住む小学5年生の八神太一を始めとする「選ばれし子供たち」は不思議な現象に巻き込まれデジタルワールドへ。パートナーの「デジモン」と出会い、未知の世界の冒険が始まる！

八神太一やアグモンたちがデジタルワールドを冒険してから10年以上が過ぎた2010年。大学生の太一ら“選ばれし子どもたち”の周囲で、ある事件が発生する。デジモン研究者によると“エオスモン”というデジモンが原因だという。助けを求められた太一たちはエオスモンと戦う中、選ばれし子どもたちが大人になったときにパートナーデジモンが消滅することを知る。

新しいテクノロジーが発展した、ほんの少し先の未来。SNSでは「ホログラムゴースト」と呼ばれる真偽不明の怪奇現象の噂が飛び交っていた。中学1年生の天ノ河 宙は、父が残した「デジヴァイス」という謎のデバイスを起動したことで、普通の人には見えない未知の生き物――「デジモン」たちの姿が見えるようになる。父から預けられたやんちゃなデジモン「ガンマモン」と出会ったその日から、宙は様々な怪奇現象に巻き込まれていく。人間の時間を盗む「口縫い男」や、夜な夜な徘徊して人間をさらう「ミイラ男」……。ホログラムゴーストは、すぐそばで私たちを狙っているのだ。ここから先は、誰も知らない世界の裏側の物語。宙はガンマモンや仲間たちとともに、デジモンたちが生きる不思議な世界に足を踏み入れていく。