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木ノ葉の里の落ちこぼれ忍者、うずまきナルトの夢はいつか里一番の忍者｢火影｣の名を受け継ぐ事。その身に封印された尾獣｢九尾の妖狐｣ゆえに孤独な過去を背負ったナルトだが、サスケとサクラという仲間を得、上忍カカシ率いる第七班の一員として任務をスタートさせた!!

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木ノ葉の里の落ちこぼれ忍者・うずまきナルトは、里一番の忍者｢火影｣を目指して日々奮闘中！ 個性豊かな忍たち、過酷な戦いを通じて芽生える友情、そして己の忍道を貫く為に避けられない別れ……。自分と仲間を信じ、数々の試練に立ち向かう！！

木ノ葉の里の落ちこぼれ忍者・うずまきナルトは、里一番の忍者｢火影｣を目指して日々奮闘中! 個性豊かな忍たち、過酷な戦いを通じて芽生える友情、そして己の忍道を貫く為に避けられない別れ……。自分と仲間を信じ、数々の試練に立ち向かう！！

木ノ葉の里の落ちこぼれ忍者・うずまきナルトは、里一番の忍者｢火影｣を目指して日々奮闘中! 個性豊かな忍たち、過酷な戦いを通じて芽生える友情、そして己の忍道を貫く為に避けられない別れ……。自分と仲間を信じ、数々の試練に立ち向かう！！

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あの終末の谷の激闘から約二年半――。自来也との修業の旅を終えて久し振りに里に戻ったナルトを待っていたのは、医療忍者として頼もしく成長したサクラと相変わらずのカカシ。そして成長を遂げたかつての仲間達だった。しかし再会の喜びもつかの間、木ノ葉に衝撃の報せが入る。砂隠れの風影となった我愛羅が“暁”に連れ去られたのだ！動き出した“暁”の目的は全ての尾獣を狩ること。同じ苦しみをもつ人柱力として我愛羅の身を案じ、憤るナルトは綱手の命のもとサクラ、カカシと共に三人一組を結成！我愛羅救出の任に赴く。圧倒的な力をもつ“暁”との対決の行方は！？そして大蛇丸転生の準備が整いつつあるサスケの運命は！？ナルトの戦いが新たなる風を巻き起こす！

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カカシ班は、映画『風雲姫』シリーズ・最終作の撮影のために雪の国へ向かう、女優富士風雪絵の護衛任務についた。しかし、雪絵は雪の国へ行くことを嫌がり、役を降りると言う。仕方なく、雪絵を強引に船に乗せ雪の国へ向かう一行。 途中雪忍の狼牙ナダレ達に襲われる。狙いは、女優富士風雪絵として身分を偽っていた雪の国の先代君主の娘、風花小雪と彼女が持つ六角水晶。 雪の国では10年前にクーデターが起こり、君主風花早雪が実弟、風花ドトウに殺された。その際、風花小雪はカカシと供に雪の国を脱出した。その後、風花小雪は身分を偽り、富士風雪絵として生活していた。 この撮影はマネージャーであり、実は風花早雪の部下であった浅間三太夫が、小雪を雪の国に帰ってこさせるとともに、風花ドトウから国を取り戻すために仕組んだものだった。雪の国に到着した一行は、映画の撮影をしながら風花ドトウと戦うも、浅間三太夫ら風花早雪の部下だったものたちは全員殺され、ナルトと小雪は捕らえられてしまった。しかし、六角水晶はカカシによってフェイクにすりかえられていたため、ドトウの手に渡ることはなかった。 ナルトら二人を取り戻すため、ドトウの居城に侵入するカカシ・サスケ・サクラの三人。無事に二人を助けだすものの、再び小雪と六角水晶を奪われてしまう。雪の国に隠された秘宝のカギとなっていた六角水晶を手に入れ、秘宝の下へと向かうドトウ。雪忍を倒しながらドトウを追うナルト達四人。果たして秘宝の正体は、そして小雪の運命は？

ナルト、シカマル、サクラは、任務中に謎の男・テムジンと出会い、交戦。ナルトとテムジンは崖から転落してしまう。目覚めると二人はあるキャラバンにいた。テムジンはゲレルの石の鉱脈を探しているという。テムジンはナルトを仲間にいれようとして連れて帰り、ハイドに会わせる。 一方、風の国が謎の軍団に襲われるとの情報が火の国に入る。ナルトが着いたときには撃退されたあとであったが、多くの被害がでていた。敵の残骸を調べているときにナルトはテムジンとその仲間に出会う。ナルトは怒り、我愛羅、カンクロウ達と供に交戦するもテムジンは逃げていった。 そのころシカマルたちは別の襲われた残骸を調べ、戻ってきたテムジンを捕獲する。キャラバンで話を聞くが逃げられてしまう。追っていき遺跡の中で、ナルト達はハイド達との決戦に挑む。

南海の彼方に、「みかづき島」という常夏の島にある月の国があり、その国の王子は諸国漫遊の旅の途中で、間もなく帰国するらしい。その王子（ミチル）と息子（ヒカル）を護衛する任務が、カカシ隊第7班とロック・リー（以下、「7班」）に与えられた。 道中、立ち寄ったサーカス団を気に入ったという理由だけで丸ごと買い上げたりと、常識からかけ離れた行動を取るミチル・ヒカル親子のことをナルト達は理解出来ないでいたが、ヒカルの勇気ある行動をきっかけにナルトとヒカルは仲良しになる。しかし、ナルトとヒカル達が月の国へ戻ると、大臣シャバダバの画策により、月の国はクーデターに陥り、ミチルの父親である現国王は失脚していた。その後、シャバダバが雇った3人の忍によりミチルは捕らえられ、処刑される事となる。 7班やサーカス団らの協力の下、ヒカルとナルトが、一緒にミチルを救う。

かつて世界を破滅寸前まで追い込めた魔物・魍魎は、かつてその力を借りて大陸を蹂躙した忍・黄泉によって封印から解放され、暗黒忍術によって黄泉の体内に魂を移植された。復活した魍魎率いる「幽霊軍団」の襲撃を前に、ナルト・サクラ・ネジ・リーの4人は火影である綱手の命を受けて、この世で唯一魍魎を封印する力を持つことから魍魎に命を狙われる鬼の国の巫女・紫苑の護衛に当たる。ナルト達は黄泉の部下である4人衆の襲撃を受けていた紫苑を助け、4人衆を撃退する。そこでナルト達は紫苑が「人の死を予言する力」を持っていることを明かされ、ナルトはその死を予言される。

ある日木ノ葉隠れの里は、突如謎の忍達の襲撃を受け甚大な被害を被る。敵の正体は、かつて木ノ葉に滅ぼされた「空の国」の忍・空忍だった。ナルトとサクラ、ヒナタは、里に現れた凄腕の医師・神農やその弟子であるアマルと共に、正体不明の忍達に襲撃されたという火の国の外れにあるアマルの住む村に向かい辿り着くが、里は既に何者達かの手によって破壊されており、焦りから飛び出したアマルは何者達かによって攻撃され、それを庇った神農は大量のクナイを体に受けて死亡してしまう。その後ナルトとサクラは謎の遺跡を発見するが、二人の目の前には正気を失ったアマルが現れ、アマルは「零尾」を名乗ると同時に大蛇のような化け物に変化を遂げて二人を襲う。ナルトは「零尾」の力の前に苦戦し、一時は九尾の力が暴走し掛けるも、事前に自来也から渡されていた札の影響で正気を取り戻し、零尾に憑依されたアマルに神農との絆を訴えかけてアマルの正気を取り戻させる。しかし直後に遺跡が振動を起こし、ナルトはサクラにアマルを連れて木ノ葉からの増援を要請するように頼むが、アマルは神農のためにも里の異変の原因を突き止めるべくナルトと共に遺跡に乗りこむ。するとその時里の周囲の大地が動き出し、ナルトとアマルを連れたまま遺跡は空へと浮かび上がる。

五大国で血継限界を持つ忍が行方不明になる事件が発生した。ナルト達木ノ葉隠れの調査により、忍達は草隠れと岩隠れの境界付近に聳える須弥山（しゅみせん）付近で消息を絶っていることが明らかになる。そんな中、五大国に向けて、木ノ葉隠れの忍を名乗る卑留呼という人物が第四次忍界大戦の開戦を宣言し、綱手は木ノ葉に戒厳令を出す。時を同じくしてカカシが謎の失踪を遂げる。しかし、綱手は彼を追うことを禁じ、反抗するナルトを監禁する。納得のいかなかったナルトは、かつてカカシに教わった忍道を守るため、サクラの助けを得て脱出、カカシを連れ戻すべく後を追う。一方綱手からの命により、シカマルをリーダーとした8班、10班、ガイ班のメンバーも無断で里を抜けたナルトとサクラを連れ戻すため追跡を開始するが・・・

抜け忍ムカデを追っていたナルト達。ある廃墟で追い詰められたムカデは、かつて四代目火影が施した封印を解き、龍脈を活発化させる。その影響で過去にタイムスリップしたナルトは、当時の父・ミナトや少年時代のカカシと共に、歴史改変及び世界征服を企むムカデの野望に立ち向かう。

草隠れの里の極秘任務について話し合いをしていた雷影たち。しかしその途中、一人の忍が雷影を襲撃した。なんとか撃退した雷影は、その犯人をナルトと証言し、綱手はナルトを忍用の監禁施設「鬼灯城」に連行するよう命じる。「鬼灯城」に連れて来られたナルトはそこで城主無為、そして草隠れの陰謀に巻き込まれる。

木ノ葉の里に、死んだはずの“暁”メンバーたちが襲来してきた。ナルト達は撃退し、家族たちが暖かく迎える。ただ一人、天涯孤独の身であるナルトを除いて･･･。 そんなナルトと、些細な親子喧嘩で家を飛び出してきたサクラの前に“うちはマダラ”が現れ、恐るべき瞳術を発動させる。ふと気がつくと仮面の男は消え去り平穏な木ノ葉の里が帰ってきたが、そこに住む人々は何かがおかしい。さらにナルトの元には、本来この世にいるはずのない両親がいた･･･。

第四次忍界大戦から2年後。冬の祭典「輪廻祭」の準備で大賑わいになっていた木ノ葉隠れの里にて、激闘を経て英雄となったナルトはモテ期を迎えていた。一方、幼き頃から彼に想いを寄せるヒナタは、そんな状況に戸惑いながらも彼に贈るつもりでマフラーを編み続けていた。 そんな中、月の異常接近が観測され、五影たちが人類滅亡を危惧する。そしてある夜、謎の男・トネリがヒナタの前に現れ、「いずれ君を迎えに行く」と言い残し、彼女の妹・ハナビをさらっていくという事件が起こる。全ての出来事が繋がっていると推測した六代目火影カカシは、ナルト、ヒナタ、サクラ、シカマル、サイの5人にハナビ奪還任務を下す。

第四次忍界大戦から十年以上の時が過ぎ、木ノ葉隠れの里は平和な時代を享受する中で文明開化による発展を遂げていた。大戦の英雄うずまきナルトは七代目火影として里を治めるために多忙な日々を送るが、その息子であるうずまきボルトはそんな父の志を理解できず、父子の溝は深くなっていた。 そんな中、極秘任務から帰ってきたうちはサスケがナルトのライバルだと知ったボルトは、間近に控えた中忍選抜試験で父を見返すため、弟子入りを志願する。弟子入りの条件である高等忍術「螺旋丸」の会得を滅多にしない修行で成し遂げたが、思った通りの評価を得られなかった悔しさから、他人の術を自分のものとして放つ科学忍具を用いたズルに走ってしまう。サスケはそれを察しながらもあえて弟子入りを認め、試験までの間彼に指導を行う。